Župu svetoga Ivana Apostola i Evanđelista, Centar-Zalik osnovao je biskup Pavao Žanić, na Bogojavljenje, 6. siječnja 1993., kako bi izašao ususret pastoralnim i karitativnim potrebama katoličkog puka u Mostaru. Istovremeno s ovom župom osnovane su još tri župe koje su posvećene ostaloj trojici evanđelista, a sve zajedno osnovane su na prostoru dotadašnje prostrane katedralne župe. Ove župe posvećene su evanđelistima zato što se iznad oltara u katedrali nalazi veliko svjetlo u obliku sunca što simbolizira Krista kao Mlado Sunce s visine. Iz tog sunca izlaze i prema zemlji (po krovnoj konstrukciji crkve) silaze četiri zrake sunca, na četiri strane svijeta. Te zrake predstavljaju četiri Evanđelja: Matejevo, Markovo, Lukino i Ivanovo. Sve ove četiri zrake bile su prije rata izrađene u prelijepim vitrajima koji su u izvrsnom i živobojnom stilu predstavljali evanđeliste. Baš je vitraj koji je predstavljao sv. Ivana Apostola i Evanđelista bio okrenut prema centru grada, prema Centru II i III i prema Zaliku. Tako je ova naša župa dobila za zaštitnika sv. Ivana. Prvi župnik župe bio je mons. Ivan Vukšić.
Prvi liturgijski prostor župe bio je Tvrtkov dom (nekadašnji “Abrašević”) u Šantićevoj ulici, koja se od završetka rata zove Ulica Mile Budaka. U tim prostorijama otvoren je i Župni caritas.
Na lijevoj obali Neretve, u Zaliku, za liturgijski prostor i Župni caritas, vojne vlasti dodijelile su atomsko sklonište u sklopu prostora “Salon namještaja”. Budući da su bila česta granatiranja tih prostora od srpskih postrojbi, moralo se s vjernicima ići na sigurnije mjesto.
Prvu misu na području župe u spomenutom Tvrtkovu domu župnik don Ivan slavio je 18. siječnja 1993. u 9 sati, i u Zaliku istoga dana u 11 sati.
Župni stan i župni ured bili su u Sveučilišnoj knjižnici u Ulici Branitelja 3. Ova zgrada dodijeljena je na uslugu Biskupskom ordinarijatu u Mostaru, nakon što je granatama uništena a potom izgorjela zgrada Biskupije. Župnik don Ivan ovako je napisao u knjizi Župnih oglasa: „Knjiga oglasa župe sv. Ivana Ap. i Ev. izgorjela je zajedno sa svim drugim župnim knjigama 9. svibnja 1993. kada su provalile muslimanske snage u župni ured ove župe koji se nalazio u zgradi Sveučilišne biblioteke: LENJINOVO ŠETALIŠTE 3. Ovaj župni ured preselio se u prostorije u Splitskoj ulici br. 21 u nekadašnji Razvitkov Boutique” (Mostar 17. svibnja 1993.).
U Splitskoj ulici nekadašnji Razvitkov butik služio je kao kapelica, a prostorija od njihove bivše samoposluge služila je kao skladište za Župni caritas.
Budući da su pastoralni poslovi svakodnevno rasli, župa je u rujnu 1994. dobila duhovnog pomoćnika don Gordana Božića.
U bivšem vojnom skladištu u Ulici kneza Višeslava 2, kod Stare bolnice, započela je obnova granatama oštećenog skladišta u listopadu 1994. godine, za crkvu 250m² i isto toliko za župni ured i dvorane za vjeronauk.
Svečani blagoslov župne crkve u bivšem skladišnom prostoru imao je biskup Ratko Perić, 26. veljače 1995. u 11 sati.
Budući da se znalo da je ova skladišna crkvica privremeno rješenje i da je kvadraturom premalena, odmah se po Daytonskom sporazumu počelo ozbiljno razmišljati o izgradnji nove crkve na području župe. Tako je 12. veljače 1996. postavljen i blagoslovljen kamen temeljac za novu crkvu Kristova uskrsnuća u ulici Kardinala Stepinca, na južnoj strani od Stare bolnice, uz hotel Eru.
Kripta nove crkve bit će posvećena sv. Ivanu Apostolu i Evanđelistu. Radovi oko njezine izgradnje uskoro su počeli. Do svibnja 1999. godine napravljeni su betonski radovi kripte i dvije etaže pastoralnog centra. Radi nedostatka financijskih sredstava i političkih zavrzlama koje je sa sobom donijela Europska uprava u BiH i u Mostaru, radovi su obustavljeni. Uza sva nastojanja nisu počeli ni do danas (lipanj/2007.). Nažalost, ova je crkva postala i politički kamen spoticanja. Više o ovome čitajte u rubrici Crkva Kristova uskrsnuća.
17. listopada 1999. u župu je došao novi župnik don Krešo Puljić koji je odmah po dolasku skladišnu crkvu obnovio i još bolje prilagodio za liturgijsku uporabu, te je opremio novim namještajem. U jubilarnoj 2000. godini novi župnik otpočeo je graditi Župni sportski centar. U četvrtak, 13. 7. 2000. godine, blagoslovljen je i svečano otvoren Sportski centar sv. Ivana, koji se sastoji od jednog nogometno-rukometnog igrališta i dva manja igrališta za košarku, mali nogomet i odbojku.
Dozvolom biskupa, Biskupijski caritas nam je početkom 2006. godine dodijelio polovicu svog skladišta od 250m², koji se nalazi preko puta našeg Župnog ureda. U četvrtini toga prostora napravili smo Župni club koji služi za druženje djece i mladih, za katehetske susrete, za razna druga druženja vjernika poslije misa. U preostalom velikom dijelu skladišta napravili smo višenamjensku dvoranu koja služi za katehezu, kulturu, šport i rekreaciju.
Dozvolu boravka u ovim prostorijama, prema nedavno sklopljenom ugovoru, imamo još 9 godina.
